基本机制
只要玩过一些塔防游戏，都会知道这么一种基本塔防类模式——敌人沿着某条路线前进，而玩家需要建造防御塔阻止敌人抵达防守点，倘若超过规定数量的敌人抵达防守点就会失败。
明日方舟也是以此为基础，然后增加了一些其他机制。
可以将明日方舟理解为融入了MMORPG元素的塔防游戏，在这里，建造防御塔表现为部署干员。
1.费用
在明日方舟中，建造防御塔，即部署干员需要消耗的资源叫做费用Cost。不同于传统的杀敌获取金币，费用主要通过先锋干员获得，因此通常会尽早部署干员来获得更多的费用。不过在大多数地图中，费用也会缓慢地自动回复。每局游戏开始都会给予一些初始费用。
2.双层地形
在明日方舟中，可以部署干员的区域分为两种。第一种是下图的绿色区域，可将其称为地面。另一种是下图中的黄色区域，可将其称为高台。先锋、近卫、重装干员只能部署在地面区域，狙击、术士、医疗、辅助只能部署在高台区域，部分特种干员既可部署在高台，也可部署在地面。除了空中单位可以无视地形行进外，其他敌人都只能在地面区域行进。
3.阻挡每个可放置于地面区域的干员都会有“阻挡数”这个属性。
如果玩过植物大战僵尸，就可以很容易理解这个概念。
在植物大战僵尸中，由于植物是种植在僵尸前进的道路上，因此也会被僵尸攻击。而坚果墙或者高坚果则可以阻挡僵尸前进，保护身后的植物。只不过在明日方舟中，阻挡数限制了干员所能够阻挡的敌人的数量。且由于输出能力的限制，以及后期一些特殊敌人的存在，部署干员阻挡敌人前进是最基本的战术——拦住，然后打死。
4.治疗
敌人被阻挡时会攻击阻挡的干员，而且部分敌人也能攻击高台干员，这时就需要医疗干员来维持干员的生命值，避免干员倒下。
至此，输出-阻挡-治疗这种类似RPG游戏中铁三角的关系就建立起来了。
5.攻击方向
明日方舟的核心机制之一。不同于大多数塔防游戏的圆形攻击范围，在明日方舟中，干员的攻击范围通常是矩形或者若干正方形组成的多边形。
方舟的指定攻击方向是它的核心机制之一。在部署干员后，可以选择上下左右四种朝向，一旦选定便无法更改，除非撤退然后再部署。干员攻击方向的选择是制定战术的核心关键之一。
干员只会攻击自己攻击范围内，或者自身正在阻挡的敌人。
6.技力
在明日方舟中，角色使用技能消耗的能量叫做技力[SP]。
SP的回复方式有自动回复、攻击回复和受击回复三种，技能的使用方式则有自动触发和手动触发两类。
干员的SP上限即是技能所需的SP值，即技能的实际使用是“SP回复→施放技能→SP回复→施放技能”的循环，因此干员的技能实际回转时间 = 回复SP时间 + 技能使用时间
其中自动触发类的技能在SP足够后会自动使用，难以控制使用时机。
值得一提的是，部分干员的技能所需SP较多，但部署时却有一定的初始SP，也就使得如果在他们使用完技能后直接撤退等再部署的话，需要的时间会比等他们自然回复技力的时间更少。
7.再部署
再部署是明日方舟的核心机制之一。
在部署一名干员后，你可以撤退该干员，得到该干员部署费用50%的返还，并使其进入再部署冷却时间，等待再部署冷却时间结束后，便可以再次部署该干员。
再部署时间默认70秒，可以通过提升潜能和部分干员的被动降低再部署时间。
第一次再部署时的费用消耗是初始费用的150%(向下取整)，第二次再部署的费用是初始费用的2倍，此后费用都是初始费用的两倍保持不变。
利用再部署，可以实现干员攻击方向的调整、对特定敌人的针对性打击、调整防线等战术操作。
8.仇恨
这里人为的给敌人加上仇恨这一属性，用它表示敌人被攻击的优先级。
仇恨最高的单位会被优先攻击。
在不考虑自身特性的情况下：
对于敌人来说，他们总会攻击自己攻击范围内，最后部署的干员。
对于干员来说，会优先攻击剩余路程最短的敌人。(后面会详细解释)
9.伤害计算机制
在明日方舟中，伤害分为物理伤害和法术伤害两种。
防御力能够等量的减少受到的物理伤害，即用攻击力和防御力计算物理伤害时，按照减法计算。
法术抗性能以百分比的形式减少受到的法术伤害，即用攻击力和法术抗性计算法术伤害时，按照乘法计算。
目前方舟里是有可能出现法术抗性超过100%的敌人的，不过无论物理还是法术，伤害计算都会有一个保底的最小值——干员攻击力的5%。
比较特殊的是，部分干员拥有造成真实伤害的能力——即可以无视防御、护甲以及护盾，直接扣除敌人血量的伤害。例如阿米娅的3技能、凯尔希的3技能、夜魔的2技能、温蒂的3技能、浊心·斯卡蒂的3技能、崖心的2技能。
10.演习
玩家每天会获得30张演习券，无论使用与否，在凌晨4点演习券都会重置为30张。使用演习券可以不消耗理智进行作战，但也无法获得任何奖励，相当于给予一次练习的机会。
11.代理指挥
当玩家在编队中不包含好友支援干员的情况下，成功三星通关时，就会解锁代理指挥模式。
这个功能可以起到类似扫荡效果，PRTS系统(AI)会复制你解锁代理指挥模式的那次作战的操作步骤进行复盘，但是这个复盘在时间轴上可能存在些许误差，也就是说极限的操作会降低代理指挥的可靠性。此外，使用特性或技能带有随机性质的干员也会降低代理指挥的可靠性。
当代理指挥失误时，会有相应的提示告诉玩家此时需要解除代理指挥手动操作。再次在编队中不包含好友支援干员的情况下，成功三星通关便可以用解锁新的代理指挥模式，替换掉之前的作战策略。